Para el propietario de un averío pequeño, la vacunación solo suele ser necesaria si tienen antecedentes de enfermedad, si han podido tener contacto con otras aves (p. ej., en exposiciones avícolas, intercambios comerciales o acceso de aves silvestres) o si se han introducido nuevas aves en el averío. No se debe vacunar a las aves contra una enfermedad que no esté presente en su área, ya que esto solo introducirá nuevos organismos en el averío. Además, el sistema inmunitario de un ave enferma está comprometido y es incapaz de soportar el estrés de la vacunación.
Si determinadas enfermedades son un problema en un averío de traspatio, se puede recomendar la vacunación tras una consulta veterinaria. La enfermedad de Marek está presente en casi todos los averíos y se recomienda encarecidamente la vacunación de los pollos en todos los casos; la vacunación es clave para el control y es barata. Los propietarios de aves de traspatio pueden comprar polluelos a las incubadoras y solicitar que sus polluelos se vacunen en el momento de la eclosión con el serotipo 3, o pueden vacunar a sus propios polluelos si eclosionan en sus instalaciones. Dado que el virus es ubicuo y se disemina a través de la caspa de las plumas, es fundamental vacunar a las aves en el momento de la eclosión antes de que sean más sensibles (2-7 meses) para establecer una inmunidad precoz. Hay tres serotipos de la enfermedad de Marek: 1, 2 y 3. Debido a que la mayoría de las aves de traspatio se vacunan solo contra el serotipo 3, es posible que no estén completamente protegidas. Además, la vacunación no previene la infección ni la diseminación del virus de campo.
La vacunación frente al virus de la enfermedad de Newcastle puede recomendarse en ciertas áreas geográficas y en aves que participan en ferias y exposiciones. Sin embargo, las vacunas comerciales solo se venden en grandes cantidades en lotes de 10 000 dosis, lo que supone un reto para los propietarios de pequeños averíos que solo necesitan pequeñas cantidades (p. ej., <100). Además, algunas vacunas vivas solo se pueden administrar con la aprobación del veterinario del estado, y la normativa difiere según el estado. Si se desean ciertas vacunas para necesidades específicas (p. ej., virus de la bronquitis infecciosa, bursitis infecciosa, etc.) que pueden ser un desafío en cuanto a su accesibilidad, puede ser mejor adaptar esas necesidades y recibir pollitos vacunados directamente de la incubadora.
