Se han descrito quistes congénitos, senos o fístulas del aparato del arco branquial o del conducto tirogloso en caballos, perros, gatos y rumiantes, aunque son muy raros. Estas estructuras surgen de bolsas faríngeas embriológicas persistentes, arcos o hendiduras, o del conducto tirogloso. Los pacientes suelen presentar masas indoloras y llenas de líquido en la región cervical. Los signos clínicos suelen deberse a la masa que ocupa el espacio e incluyen disnea, estridor respiratorio, obstrucción esofágica intermitente y tos. Los pacientes pueden presentar signos clínicos más tarde; no se sabe por qué un quiste puede agrandarse repentinamente, pero puede estar asociado con una infección respiratoria. Las imágenes diagnósticas incluyen radiografía, ecografía, videoendoscopia y TC de contraste para determinar si existe comunicación con la faringe.
Los quistes branquiales (también llamados quistes cervicales laterales) en caballos se suelen observar en el lado derecho, aunque se ha descrito un caso bilateral. La escisión quirúrgica es curativa, aunque las complicaciones incluyen hemiplejia laríngea derecha, formación de seroma y neumonía. Además, la proximidad de estructuras vitales en el cuello del caballo, incluyendo el nervio laríngeo recurrente, el tronco vagosimpático, la vena yugular y las arterias carótidas, aumenta los riesgos asociados con la escisión del quiste. De forma alternativa, algunos caballos tratados con marsupialización y escleroterapia de yodo con buenos resultados En perros y gatos se han observado pocas complicaciones. Los quistes branquiales se originan principalmente en la segunda o tercera bolsas faríngeas del embrión, pero algunos se originan en la cuarta o sexta bolsas.
Los quistes del conducto tirogloso parecen similares a los quistes branquiales; a menudo los dos tipos de quistes se diferencian solo por la demostración histológica de folículos tiroideos que contienen coloide o por inmunohistoquímica para la presencia de tiroglobulina. Estos quistes surgen del conducto tirogloso, que en el embrión está presente desde la base de la lengua hasta la localización final de la tiroides y que suele estar ausente al nacimiento. El quiste es solitario y se suele localizar en la línea media ventral de la región cervical craneal, pero puede haber excepciones de localización. También se cree que los quistes subepiglóticos en caballos se originan en el conducto tirogloso y pueden estar asociados con el atrapamiento epiglótico. En las cabras de Damasco, los quistes del conducto tirogloso son hereditarios por un mecanismo genético desconocido. La aspiración del quiste para medir la tiroxina no ha dado resultados diagnósticos fiables. Se han descrito algunos casos de transformación neoplásica de quistes tiroglosos a carcinoma quístico del conducto tirogloso en perros geriátricos. Incluso en el caso de quistes neoplásicos, la resección quirúrgica suele ser curativa.
En los caballos, las lesiones quísticas congénitas del esófago suelen ser de dos tipos: quistes de inclusión intramurales y quistes de duplicación esofágica. Ambos se han descrito en caballos de un año que se presentan por asfixia recurrente, disfagia y neumonía por aspiración. Ambos se producen en el esófago cervical y dan lugar a la compresión de la luz esofágica y su función. El diagnóstico se basa en estudios de imagen, que incluyen videoendoscopia, radiografía de contraste y ecografía. Los tratamientos descritos incluyen la resección quirúrgica y la marsupialización con escleroterapia. Las complicaciones después de la extirpación incluyen hemiplejia laríngea izquierda y formación de fístula esofágica. Histológicamente, los quistes de duplicación esofágica incluyen una capa de músculo, mientras que los quistes de inclusión contienen solo epitelio escamoso queratinizado.
La poliodoncia heterotópica, o dientes fuera de la arcada dental, incluye tanto quistes dentígeros, que han sido descritos en la mayoría de las especies de animales domésticos, como dientes en la oreja, o teratoma temporal, de los caballos. Los quistes dentígeros contienen un diente completo (incluida la corona) o una parte de él. Los quistes están revestidos por epitelio y, a menudo, causan tumefacción facial o tractos de drenaje, si se fistulan. Los quistes dentígeros a menudo se producen en asociación con los dientes de lobo o caninos en yeguas en équidos; con los primeros premolares mandibulares en perros, frecuentemente en razas braquicéfalas; y con los incisivos mandibulares en ovejas. Pueden ser bilaterales.
Es necesaria la extirpación quirúrgica de los quistes dentígeros y el diagnóstico definitivo se basa en el correspondiente estudio histopatológico. Las imágenes diagnósticas, especialmente la TC, son útiles para determinar el grado de afectación de los tejidos que rodean el quiste y para ayudar en la planificación quirúrgica. Según la localización del quiste, las complicaciones de la escisión quirúrgica incluyen sepsis de la articulación temporomandibular, traumatismo del nervio craneal y desarrollo de tractos fistulosos. El raspado de quistes extremadamente grandes con afectación de la mandíbula puede requerir injertos óseos.