El atrapamiento epiglótico es una causa menos frecuente del ruido de las vías respiratorias y de la intolerancia al ejercicio. En esta afección, el pliegue aritenoepiglótico envuelve completamente el ápice y los márgenes laterales de la epiglotis. La conformación general de la epiglotis es visible, y la posición (dorsal al paladar blando) es apropiada. No obstante, los distintos márgenes aserrados de la epiglotis y el patrón vascular epiglótico dorsal quedan enmascarados por una capa de mucosa aritenoepiglótica. Los signos clínicos del atrapamiento epiglótico incluyen ruidos inspiratorios y espiratorios anómalos durante el ejercicio y un mal rendimiento durante este. Otros signos menos comunes incluyen tos, secreción nasal y sacudidas de cabeza. En los caballos adultos que no se dedican a las carreras, la tos es el signo de presentación más constante. El diagnóstico se determina mediante el examen endoscópico. La corrección quirúrgica del atrapamiento epiglótico es la división axial del pliegue aritenoepiglótico para liberar la epiglotis. La sección axial transversal del pliegue aritenoepiglótico puede practicarse por láser Nd:YAG de contacto transendoscópico, la sección transnasal o transoral por medio de un bisturí curvado o mediante escisión directa a través de una laringotomía o faringotomía. La sección quirúrgica suele ser curativa con una proporción de recidiva de un 5 %. Algunos caballos afectados pueden correr con éxito con esta afección.
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