Los fármacos antimicrobianos ionóforos se han utilizado para la modificación del microbioma del rumen desde la década de 1970 para mejorar la eficiencia alimentaria, convirtiéndose en la clase antimicrobiana más amplia por peso comercializada para el ganado vacuno. Los ionóforos afectan al movimiento de los iones sodio, potasio e hidrógeno dentro y fuera de las bacterias, lo que retarda el crecimiento de las bacterias grampositivas. Se cree que los aumentos asociados en la eficiencia alimentaria se deben a una combinación de varios efectos: disminución de la producción de metano, aumento de la producción de propionato y mejor uso de proteína en la dieta. La disminución en la producción de metano parece deberse muy probablemente a una disminución del hidrógeno, un sustrato clave para las arqueas metanógenas. Los beneficios adicionales incluyen una disminución en la producción de lactato, que minimiza el riesgo de acidosis ruminal asociada con dietas ricas en almidón.
Los ionóforos también son eficaces como coccidiostáticos y se suelen emplear para este propósito en terneros.
