Aunque no son frecuentes, la mayoría de las ITU por hongos en perros y gatos son producidas por Candida spp. Encontrar al microorganismo Candida en la orina puede indicar contaminación de la muestra; no obstante, el hecho de encontrar Candida en dos muestras de orina seriadas, obtenidas mediante punción vesical, apoya la existencia de infección y obliga a realizar un cultivo e identificarla de forma definitiva. El tratamiento incluye eliminar los posibles factores predisponentes (p. ej., exceso de corticoesteroides endógenos o exógenos, catéteres urinarios) y la administración de fármacos antimicóticos con o sin alcalinización urinaria. El fluconazol es el antifúngico de elección en el tratamiento de las cistitis por cándidas. La dosis en gatos es de 50 mg/gato, PO, cada 12-24 horas; en perros de 5-10 mg/kg, PO, cada 24 horas. Se desconoce la duración del tratamiento necesaria para erradicar la infección, aunque puede bastar con 7 días.