Las preocupaciones éticas sobre la clonación pueden dividirse principalmente en dos categorías: la preocupación por el efecto de la clonación en el bienestar animal y humano, y la objeción al principio de la clonación, es decir, a producir un animal por un medio distinto de la fertilización.
Actualmente, la clonación se asocia con un aumento del sufrimiento animal cuando se compara con la producción de animales por métodos de reproducción estándar. Esto se debe a las intervenciones quirúrgicas realizadas para obtener ovocitos o transferir embriones, pérdidas de gestación, enfermedad y muerte de neonatos, anomalías de bajo nivel en las crías supervivientes y posible sufrimiento por enfermedad en animales producidos como modelos de enfermedad. Estas preocupaciones se mitigan, en parte, por el hecho de que la mayoría de estos hallazgos no son exclusivos de la clonación; también se asocian con otros procedimientos que se han aceptado por lo general como valiosos, como la fertilización in vitro y la producción de embriones, la transferencia de ovocitos y la transferencia de embriones. Además, se asume que el destino normal de muchas especies que se clonan es mantenerlas para obtener la máxima producción y, al final, sacrificarlas y consumirlas. Un argumento convincente para realizar la clonación es que los beneficios potenciales del procedimiento para comprender los procesos vitales y las enfermedades animales (tanto para la salud humana como para la producción de alimentos) superan el costo del procedimiento en términos de bienestar animal.
Otras preocupaciones se basan en el efecto de la clonación en toda la población animal, comúnmente relacionado con la variación genética de la especie. Esta es una inquietud lógica en algunas especies y para algunos usos, como es el caso del ganado lechero, en el que un semental puede engendrar miles de crías. Sin embargo, esto está más relacionado con la tecnología de congelación y distribución del semen que con el hecho de que un se clonó un toro. En los animales de compañía, es improbable que las pocas mascotas susceptibles de clonarse tengan un efecto sobre la población en general. En los caballos, la clonación puede aumentar la variación genética, porque el principal uso propuesto es esta especie es clonar aquellos caballos castrados que han demostrado ser deportistas de élite, conservando así tipos genéticos que de otro modo se habrían perdido.
Las preocupaciones sobre la salud humana se centran principalmente en el consumo de alimentos producidos a partir de animales clonados. Después de años de estudio, la FDA y la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria han concluido que el consumo de carne o leche de animales clonados no representa ningún riesgo para la salud pública. Por lo tanto, las preocupaciones restantes sobre el consumo de alimentos de animales clonados probablemente se basan más en principios que en el daño real potencial. Debido a que la clonación se usa para producir animales transgénicos o editados genéticamente, muchas preocupaciones percibidas con respecto a la clonación son en realidad preocupaciones relacionadas con estos animales genéticamente alterados, que presentan un conjunto completamente diferente de riesgos potenciales para la salud humana y animal y el medio ambiente. En la UE, aunque se reconoce la falta de pruebas de un riesgo para la salud humana, la comercialización de alimentos procedentes de clones requiere autorización. Se está pidiendo que la normativa de la UE prohíba la clonación con fines agrícolas y la comercialización de alimentos procedentes de clones.
Una cuestión ética clave con respecto al principio de producir animales por clonación es si esta técnica está violando alguna prohibición moral, es decir, que la gente esté "jugando a ser Dios" al producir embriones sin usar la fertilización. Con cada técnica reproductiva que se ha desarrollado han surgido preguntas similares; sin embargo, muchas personas opinan que la clonación es un caso especial. Esta aversión moral general del público al concepto de clonación se ve reforzada por la descripción de la clonación como una fuerza malévola en los libros y películas de ciencia ficción.
Los argumentos en contra de estas preocupaciones morales son que la clonación también se produce en la naturaleza en forma de gemelos idénticos; que las personas han estado produciendo plantas y animales por medios "no naturales" desde la primera vez que plantaron una semilla en la tierra o cruzaron una vaca con un toro seleccionado, y que esto es simplemente un nuevo desarrollo en la misma línea. Más de 10 años antes del nacimiento de Dolly se realizó una clonación embrionaria sin atención pública, incluso tampoco tuvo impacto público el nacimiento de dos corderos clonados a partir de células cultivadas de origen embrionario, que se anunció un año antes de que naciera Dolly. Por lo tanto, parece que la principal cuestión moral de interés público no es la producción de embriones sin fertilización, sino la producción de embriones a partir de células de un animal existente conocido.
Los argumentos en contra de la clonación de animales de compañía se han centrado en el coste de producir un clon (de decenas a cientos de miles de dólares) cuando en realidad se matan millones de perros y gatos no deseados cada año. Sin embargo, actualmente la población compra perros y gatos de pura raza por grandes cantidades de dinero (miles de dólares) cuando pueden conseguir animales a bajo costo e incluso gratis. La cultura estadounidense apoya el concepto de que la gente puede gastar su propio dinero en lo que quiera.
Un argumento relacionado es que la clonación convierte a los animales en una mercancía o en un objeto, más que en un ser sensible, y que producir un animal de esta manera demuestra una falta de respeto por el animal como individuo. No obstante, los animales se han comprado y vendido desde que se domesticaron; actualmente, el semen y los embriones se congelan, se envían a todo el país y se utilizan para producir las crías deseadas. La clonación no parece ofrecer ninguna distinción única en esta área.
La comercialización de la clonación conlleva la posibilidad de fraude y de aprovecharse de las emociones de los propietarios que han perdido a sus mascotas. Las empresas de clonación deben indicar claramente que la técnica producirá otro individuo con la misma genética que el animal original; no "resucita" a un animal ni crea un animal idéntico al donante (p. ej., con el mismo patrón de pelo o personalidad). El mejor símil que se puede hacer es que se trata de un gemelo idéntico nacido más tarde; al igual que ocurre con los gemelos idénticos de origen natural, serán muy similares pero también diferentes en muchos aspectos.
