Los animales de compañía pueden clonarse bien por razones sentimentales o bien como modelos para especies en peligro de extinción. Los caballos se clonan principalmente para permitir la producción continua de descendientes a partir de individuos con genotipos valiosos o para mantener un tipo genético (p. ej., caballos castrados de rendimiento excepcional). La clonación de animales de granja puede realizarse con fines agrícolas o biomédicos. Los fines agrícolas incluyen la producción de animales con características productoras valiosas, como vacas lecheras de alta producción, animales con una calidad de canal superior en el sacrificio o la producción de sementales de un genotipo valioso establecido.
Los fines biomédicos de la clonación están relacionados en gran medida con la capacidad de realizar una transferencia nuclear usando una línea celular que se ha alterado genéticamente (transgénica) y, por tanto, para producir un animal con las características genéticas deseadas. Los fines biomédicos incluyen la generación de animales de genotipos específicos como modelos de enfermedad, animales portadores de genes para la producción de proteínas importantes desde el punto de vista médico que pueden recogerse de la leche o de los tejidos, y animales que tienen órganos genéticamente alterados (p. ej., de baja inmunogenicidad) para trasplantarse a seres humanos.
