La criptorquidia es la imposibilidad de que uno o ambos testículos desciendan al escroto y se observa en todos los animales domésticos. Es un trastorno frecuente del desarrollo sexual en los caballos. Se cree que es un trastorno genético heredado de cualquiera de los padres. Si ambos testículos quedan retenidos en el abdomen, el caballo será estéril. Dado que un testículo retenido sigue produciendo hormonas masculinas, los animales criptórquidos tienen un comportamiento de apareamiento normal. Si solo se conserva un testículo (criptorquidia unilateral), el caballo puede seguir siendo fértil porque el testículo normal produce espermatozoides normales. Sin embargo, es muy recomendable que no se reproduzca un caballo criptórquido porque la afección es hereditaria y probablemente se transmitirá a cualquier descendencia. Se recomienda la extirpación de ambos testículos.
Las yeguas que carecen de uno de los cromosomas sexuales (designado como XO) tienen un subdesarrollo de los ovarios y son estériles. Las yeguas afectadas pueden ser más pequeñas que la media y no tener un ciclo estral porque los ovarios no tienen ovocitos. Los ovarios son lisos, duros y no tienen folículos. No hay un tratamiento para este trastorno.
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