Un aspecto importante del tratamiento médico es el efecto que tendrá el tratamiento sobre el feto o el recién nacido cuando se administra a un animal gestante o en lactación. Muchos fármacos son capaces de atravesar la placenta y afectar al feto. Ciertos antibióticos son tóxicos para el feto, mientras que otros pueden afectar al desarrollo del cartílago, los huesos y los dientes. Algunos antifúngicos y todos los fármacos quimioterapéuticos contra el cáncer son potencialmente dañinos para un feto en desarrollo. Los glucocorticoides pueden causar paladar hendido u otros defectos en los cachorros.
Cuando se administran medicamentos a animales lactantes hay que tener en cuenta la excreción del fármaco o sus subproductos en la leche y los posibles efectos en el recién nacido lactante.
