Varios pasos ayudan a proteger a los animales frente a las infecciones. A veces se administran antibióticos para prevenir el desarrollo de una infección. Esta medida preventiva se llama profilaxis. Muchos animales sanos que se someten a ciertos tipos de cirugía, como la cirugía intestinal, reciben antibióticos profilácticos en el momento de la cirugía.
La vacunación también puede prevenir las infecciones. Cuando se administra una vacuna se prepara el sistema inmunitario de modo que si el animal se expone más tarde al agente infeccioso, el organismo tendrá una mayor capacidad para combatir las bacterias o virus específicos que causan enfermedades. En muchas especies animales se necesitan vacunas frente a ciertas enfermedades (como la rabia). Las vacunas disponibles en la actualidad son muy fiables y las toleran bien la mayoría de los animales.
