Los cobayas solo se sienten cómodos en el estrecho rango de temperaturas de 18 °C a 23 °C. También prefieren una humedad relativa baja (inferior al 50 %). Cuando se exponen a temperaturas superiores a los 29 °C, pueden desarrollar un golpe de calor. Por lo tanto, se debe tener especial cuidado al transportar estos animales durante los días muy fríos o muy calurosos. No prosperan en lugares con corrientes de aire y no deben exponerse constantemente a la luz solar directa.
Debido a su pequeño tamaño, los cobayas suelen sufrir lesiones cuando están fuera de sus jaulas. Pueden sufrir lesiones graves si se pisan o se caen de una mesa. Como muchos otros roedores, los cobayas se sienten atraídos por cualquier cosa que parezca interesante de roer. Los cables eléctricos son peligros comunes para estos animales. Otras mascotas, como los perros, los gatos y los hurones, pueden lesionar fácilmente a los cobayas. Además, muchas plantas de interior son tóxicas para los cobayas. Siempre que su cobaya esté fuera de su jaula, se debe controlar cuidadosamente para mantenerlo a salvo.
A diferencia de los hámsteres y las ratas, los cobayas son en su mayoría diurnos, es decir, suelen estar despiertos durante el día y duermen por la noche. Esto los convierte en una buena elección como mascotas porque estarán activos durante el día, cuando se pueden observar y manipular sin perturbar su descanso.
Tener más de un cobaya proporciona compañía para su mascota. Mantener solo cobayas del mismo sexo les impide aparearse. Si planea mantener juntos a los cobayas machos, se deben castrar o presentar el uno al otro antes de que terminen de destetarse de sus madres. Esto ayudará a evitar peleas. Los cobayas pueden entrar en pánico o estresarse si entran en contacto con otras mascotas, así que manténgalos separados de los perros, gatos u otros animales. Esto también ayudará a evitar la diseminación de enfermedades infecciosas.
Los cobayas tienen una sensibilidad inusual a muchos antibióticos de uso común cuando se administran oralmente, por inyección o se frotan en cremas. Muchos de los antibióticos más utilizados pueden ser tóxicos para su cobaya. No use antibióticos o productos que contengan antibióticos en su cobaya sin la guía de un veterinario.