Las principales causas de enfermedad no infecciosa del tracto gastrointestinal incluyen:
problemas dietéticos (p. ej., sobrecarga de alimentos, intolerancia, alergia)
Indiscreción alimentaria, incluida la ingestión de cuerpos extraños.
Obstrucción gastrointestinal
lesión de la mucosa (p. ej., úlceras gástricas, enfermedad inflamatoria intestinal, neoplasia)
disbiosis del intestino
deficiencias enzimáticas
defectos congénitos
Las manifestaciones gastrointestinales como los vómitos y la diarrea pueden ocurrir de forma secundaria a enfermedades sistémicas o metabólicas, como la enfermedad renal, la enfermedad hepática y el hipoadrenocorticismo. No se conoce bien la causa de ciertas enfermedades, como es el caso de las úlceras del abomaso en el ganado vacuno, las úlceras gástricas en cerdos y potros, la torsión gástrica en perros y la obstrucción intestinal aguda y el desplazamiento del abomaso en el ganado vacuno. En las enfermedades no infecciosas del tracto GI, se suele ver afectado un único animal a la vez; las excepciones son las enfermedades asociadas a la ingesta excesiva de alimentos o a los venenos, en las que son frecuentes los brotes en los rebaños.