La mayoría de las enfermedades infecciosas del aparato urinario en pequeños animales son infecciones producidas por bacterias aerobias. Los organismos más habituales son Escherichia coli, Staphylococcus, Enterococcus y Streptococcus. Entre los microorganismos que causan infección con menos frecuencia encontramos Klebsiella, Proteus y Pseudomonas. Pasteurella es más común en gatos que en perros. Mycoplasma raramente causa infección del tracto urinario y cuando aparece suele hacerlo de forma concomitante con una infección bacteriana. La leptospirosis es una zoonosis extendida por todo el mundo. Está causada por una bacteria filamentosa que infecta el riñón y otros órganos. Los hongos, levaduras y parásitos infectan con poca frecuencia el aparato urinario.
Las infecciones bacterianas de las vías urinarias suelen ascender desde la uretra hasta la vejiga y, en algunos casos, pueden llegar hasta el riñón. Entre los factores predisponentes se incluyen las anomalías en el flujo de la orina (p. ej., retención de orina), la disminución de los mecanismos de defensa uroteliales, la disminución de los mecanismos de defensa del sistema inmunitario o la inadecuada concentración de orina. Las perras son más sensibles a las infecciones del tracto urinario que los perros, con excepción de los casos de prostatitis bacteriana en perros machos no castrados y de avanzada edad. Los perros con enfermedades concomitantes, como la insuficiencia renal crónica o el hiperadrenocorticismo, tienen mayor riesgo. En comparación con los perros, los gatos son relativamente resistentes a las cistitis bacterianas. Menos del 2 % de los gatos de 1-10 años de edad con sintomatología del tracto urinario inferior son positivos en cultivos bacterianos. En los gatos adultos, los signos clínicos de dolor e inflamación del tracto urinario inferior suelen estar asociados a una causa no infecciosa, como cistitis idiopática, cistitis intersticial o cálculos en la vejiga urinaria. Los gatos geriátricos, inmunodeprimidos o con enfermedades sistémicas (p. ej., insuficiencia renal crónica o hipertiroidismo) son más propensos a sufrir infecciones del tracto urinario. Los agentes patógenos de las vías urinarias, con excepción de Leptospira interrogans, no se consideran agentes zoonóticos. No obstante, el potencial multirresistente de numerosos agentes bacterianos para localizarse en el aparato urinario es un problema que concierne tanto a la salud humana como a la animal. Las pautas de tratamiento subterapéuticas y la selección de antibióticos inapropiados son factores contribuyentes. Los animales que reciben antibioterapia de forma crónica, o los que están inmunodeprimidos, pueden (raramente) infectarse con Candida spp. Las infecciones fúngicas sistémicas, tales como la blastomicosis, la aspergilosis o la prototecosis, pueden afectar al aparato urinario, siendo los riñones y la próstata las localizaciones más frecuentes.
