Una deficiencia nutricional se puede deber simplemente a la omisión del nutriente en la dieta, a una interacción adversa entre nutrientes en dietas aparentemente bien formuladas o al efecto predominante de antinutrientes específicos. Las últimas opciones son difíciles de diagnosticar debido a que en el análisis la dieta indica un valor normal de los nutrientes evaluados. A menudo, los micronutrientes, como las vitaminas y los oligoelementos, se agregan al pienso en forma de micropremezclas independientes, por lo que es raro observar los clásicos signos de deficiencia de un nutriente concreto; por lo general, se observa el efecto de una combinación de numerosas condiciones metabólicas individuales.
En numerosos casos, un diagnóstico correcto solo puede establecerse a partir de la obtención de información completa sobre la dieta y las pautas de manejo, los signos clínicos de las aves afectadas, las necropsias y el estudio anatomopatológico. Desafortunadamente, los análisis de tejidos, especialmente del hígado y del suero, pueden ser engañosos, porque en relación con el momento de aparición inicial de cualquier deficiencia, el ave a menudo retiene nutrientes en el hígado y, por lo tanto, incluso con dietas deficientes, los análisis hepáticos muestran valores erróneamente altos. Este efecto es más significativo para minerales como el cobre.
Una dieta que, según su análisis, parece contener solo la cantidad suficiente de uno o más nutrientes puede, en realidad, tener cierto grado de deficiencia de esos nutrientes. El estrés (infecciones bacterianas, parasitarias o víricas; temperaturas altas o bajas; etc.) puede interferir en la absorción de un nutriente o aumentar la cantidad necesaria. Por tanto, una toxina o un microorganismo, por ejemplo, pueden destruir o privar al ave de un nutriente específico que está presente en la dieta a niveles aparentemente apropiados según los procedimientos convencionales de pruebas químicas o físicas. Por esta razón, muchos oligoelementos y vitaminas se incluyen en la dieta a niveles muy por encima de las necesidades reales.