Las ovejas son sensibles a la infección por Mycobacterium bovis y Mycobacterium caprae, pero rara vez muestran signos de enfermedad. Las lesiones se suelen limitar a las vías respiratorias; sin embargo, la generalización es posible. Las pruebas diagnósticas utilizadas en el ganado vacuno pueden aplicarse a las ovejas.
Las cabras son muy sensibless a la infección por el complejo Mycobacterium tuberculosis, particularmente M caprae pero tambien M bovis y Mycobacterium microti. El complejo Mycobacterium avium también infecta a las cabras. La infección está muy extendida y la prevalencia en la explotación puede ser elevada. Algunos países utilizan programas de erradicación mediante pruebas de la tuberculosis y sacrificio en cabras. Pueden usarse pruebas de tuberculina intradérmica y la prueba del interferón gamma; sin embargo, muestran un rendimiento limitado en cabras. Las lesiones son más frecuentes en las vías respiratorias (pulmón, nódulos linfáticos mediastínicos) y el aparato digestivo (nódulos linfáticos mesentéricos).