Los hongos patógenos que afectan a los animales son eucariotas, que por lo general existen como mohos filamentosos (hifas) o como levaduras intracelulares. En general, la mayoría de las infecciones fúngicas están causadas por hongos filamentosos, mientras que la mayoría de las infecciones fúngicas oportunistas se deben a levaduras; sin embargo, también existe un reconocimiento creciente de los mohos filamentosos oportunistas. Los microorganismos fúngicos se caracterizan por una baja invasividad y virulencia. Los factores que contribuyen a la infección fúngica incluyen tejido necrótico, ambiente húmedo e inmunodepresión. Las infecciones por hongos pueden ser principalmente superficiales e irritantes (p. ej., dermatofitosis) o sistémicas y potencialmente mortales (p. ej., blastomicosis, criptococosis, histoplasmosis, coccidioidomicosis). Los hongos dimórficos clínicamente relevantes crecen como levaduras en un hospedador, pero como mohos in vitro a temperatura ambiente; estos incluyen Candida spp, Blastomyces dermatitidis, Coccidioides immitis, Histoplasma capsulatum, Sporothrix schenckii y Rhinosporidium.
Existen cinco clases principales de agentes antifúngicos sistémicos: polienos, azoles, alilaminas, análogos de nucleósidos y equinocandinas. De estas clases, los polienos y los azoles son los más utilizados en la clínica veterinaria. Solo un escaso número de productos están registrados para uso veterinario en Estados Unidos, casi exclusivamente preparados tópicos, y por tanto la mayoría de los antifúngicos sistémicos prescritos no están aprobados.
Varios factores pueden conducir al fracaso terapéutico o a la recidiva después del tratamiento antifúngico. El acceso de los fármacos a las dianas fúngicas a menudo está comprometido. La respuesta inflamatoria del hospedador puede ser la primera barrera, seguida de la localización en santuarios farmacológicos (cerebro, ojo, etc.) como segunda barrera para algunas infecciones; los propios organismos son una tercera barrera. La pared celular fúngica es rígida y contiene quitina que, junto con los polisacáridos, actúa como barrera para la penetración del fármaco. La membrana celular contiene esteroles como el ergosterol, que influye en la eficacia y resistencia potencial a algunos fármacos. Cryptococcus y en ocasiones S schenckii producen una capa externa o una capa mucosa que encapsula las células y hace que se adhieran y se agrupen. Finalmente, en cuanto al acceso a los fármacos, la mayoría de las infecciones se localizan dentro de las células hospedadoras, cuya membrana lipídica puede presentar una barrera final.
La interrupción del tratamiento después de la resolución de los signos clínicos, pero antes de erradicar la infección, también conduce al fracaso terapéutico. El tratamiento debe extenderse mucho más allá de la curación clínica. Una vez que los fármacos llegan al lugar de acción, el éxito terapéutico se ve obstaculizado por la naturaleza de las infecciones fúngicas. El crecimiento fúngico es lento, pero la mayoría de los fármacos antifúngicos funcionan mejor en microorganismos de crecimiento rápido. Asimismo, la mayoría de los agentes antifúngicos son de acción fungistática, y la eliminación de la infección depende en gran medida de la respuesta del hospedador. Como tal, la duración del tratamiento es larga, y la recomendación de "entrar rápido, golpear fuerte y salir rápido" para el tratamiento antibacteriano no es apropiada para el tratamiento antifúngico; se debe tener cuidado de no interrumpir el tratamiento demasiado pronto.
Sin embargo, una mayor duración del tratamiento contribuye a otra causa común de fracaso terapéutico: la toxicidad del hospedador. Dado que tanto el microorganismo antifúngico diana como las células del hospedador son eucariotas, las dianas celulares de los microorganismos fúngicos son a menudo similares a las estructuras del hospedador. Por lo tanto, como clase, los fármacos antimicóticos tienden a ser más tóxicos que los fármacos antibacterianos, y el número de fármacos antifúngicos aprobados para su uso es notablemente menor que el número de fármacos antibacterianos. Los fármacos que pueden usarse localmente (incluso tópicamente) o que penetran mejor en los sitios de infección (p. ej., productos liposomales) pueden disminuir este riesgo. El lento crecimiento que caracteriza a las infecciones fúngicas significa que la resistencia adquirida se produce con menos frecuencia que en las infecciones bacterianas. El fracaso terapéutico también puede reflejar la incapacidad del hospedador inmunodeprimido para superar las poblaciones residuales de hongos inhibidas por el fármaco; los antifúngicos que también son inmunomoduladores (positivos) pueden ser más eficaces.
