El desarrollo de resistencia en nematodos y trematodos frente a distintos grupos de antihelmínticos es un problema importante. En comparación con el desarrollo de la resistencia a antibióticos en bacterias, el desarrollo de resistencias a los antihelmínticos ha sido más lento en las condiciones de campo. Sin embargo, las resistencias se están extendiendo cada vez más, ya que en las últimas décadas se han introducido relativamente pocos grupos de antihelmínticos químicamente distintos. La mayoría de los antihelmínticos más comunes pertenecen a tres grupos químicos, benzimidazoles, imidazotiazoles y lactonas macrocíclicas, dentro de los cuales todos los compuestos individuales actúan de forma similar. En consecuencia, la resistencia a un compuesto dado puede acompañarse de resistencia a todos los demás miembros del grupo (es decir, resistencias laterales).
En los nematodos de pequeños rumiantes, y especialmente en Haemonchus contortus, la resistencia a todo tipo de antihelmínticos de amplio espectro ha alcanzado serios niveles en muchas partes del mundo. También se han encontrado resistencias en Trichostrongylus spp, Cooperia spp y Teladorsagia spp en ovejas y cabras. Están aumentando los informes de resistencia múltiple a la mayoría de las clases principales de antihelmínticos. Recientemente, se ha producido resistencia al monepantel en el campo (Nueva Zelanda) en al menos dos especies de nematodos (Teladorsagia circumcincta y Trichostrongylus colubriformis) después de administrarse en 17 ocasiones distintas a diferentes clases de ganado y en <2 años del primer uso del producto en la granja.
La resistencia contra los benzimidazoles es muy extensa en los nematodos ciatostomas de los caballos. Se han descrito resistencias de Parascaris equorum a las lactonas macrocíclicas (ivermectina y moxidectina) en muchos países. Sin embargo, la resistencia a la lactona macrocíclica en los ciatostomos solo se ha descrito ocasionalmente, por lo que todavía no se considera grave el problema.
Hay algunos informes de resistencias frente al levamisol, al pirantel y a los benzimidazoles en Oesophogostomum dentatum en los cerdos.
La resistencia a múltiples fármacos (benzimidazoles y lactonas macrocíclicas) en los nematodos del ganado vacuno se ha documentado en granjas en Nueva Zelanda, América y Europa, y esto probablemente se extenderá más. En la mayoría de los casos de resistencia a lactonas macrocíclicas, se identificaron Cooperia spp como las especies de gusanos resistentes, pero la resistencia a la lactona macrocíclica también está surgiendo en Ostertagia ostertagi. Se desconoce el grado completo de resistencia antihelmíntica en los nematodos del ganado vacuno.
El desarrollo de niveles de resistencia significativos requiere la exposición de sucesivas generaciones de helmintos al mismo grupo de antihelmínticos. Sin embargo, los datos sugieren que los genes de resistencia están presentes invariablemente, aunque con baja frecuencia, para cualquier antihelmíntico dado. La selección de resistencias solo precisa la muerte de los parásitos sensibles y la supervivencia de los parásitos con los genes de resistencia. A menudo se observa una resistencia cruzada entre los integrantes del grupo de benzimidazol, debido a su mecanismo de acción similar; es de esperar que el levamisol controle los parásitos resistentes al benzimidazol debido a que presenta un mecanismo de acción diferente. Aunque no hay evidencia de resistencia cruzada entre el levamisol y los benzimidazoles, esto no significa que no se desarrollen parásitos resistentes a ambos tipos de fármacos si se usan los dos antihelmínticos con frecuencia. Los nematodos resistentes al levamisol presentan resistencia cruzada al morantel debido a la similitud en sus mecanismos de acción. Cuando aparece resistencia a la dosis recomendada de ivermectina en varias especies de nematodos, la milbemicina, en su dosis recomendada, puede ser todavía eficaz. No obstante, hay resistencias cruzadas entre las ivermectinas y las milbemicinas, las cuales se encuentran dentro de la misma clase de antihelmínticos, y el empleo continuado de cualquiera de los dos subgrupos seleccionará las resistencias frente a las lactonas macrocíclicas.
Recientemente, se demostró en Haemonchus contortus y Onchocerca volvulus que los antihelmínticos lactónicos macrocíclicos pueden afectar a la beta-tubulina, aunque no se ha publicado una explicación mecánica para esto. Sin embargo, se sugiere que el uso de lactonas macrocíclicas puede seleccionar la resistencia al benzimidazol, porque la resistencia al benzimidazol parece deberse principalmente a la selección de un único polimorfismo. Sin embargo, la resistencia al benzimidazol se describió ampliamente antes del uso comercial de las lactonas macrocíclicas. La resistencia a la ivermectina se ha descrito por lo general en las áreas del mundo donde la resistencia al benzimidazol ya está muy extendida. Al usar combinaciones o rotaciones de antihelmínticos, se deben tener en cuenta las interacciones genéticas en el parásito entre los antihelmínticos del benzimidazol y la lactona macrocíclica en términos de selección de los alelos que confieren resistencia al benzimidazol.
Cada exposición de un parásito a un antihelmíntico ejerce cierta presión de selección para el desarrollo de las resistencias. Por lo tanto, se deben recomendar prácticas de manejo destinadas a reducir la exposición a los parásitos y a reducir al mínimo el uso de antihelmínticos. El problema de desarrollo de resistencias a los antihelmínticos puede teóricamente retrasarse mediante la rotación anual de productos químicos con mecanismos de acción diferentes entre los periodos de tratamiento. Otra elección que podría ser apropiada es el uso de combinaciones de fármacos, ya que entre los antihelmínticos que se utilizan en la combinación, ambos son eficaces y seleccionan diferentes mecanismos de resistencia.
En los programas de control parasitario, el mejor beneficio económico se obtiene mediante prácticas de manejo cuidadosas. El tratamiento planificado (o dirigido) de un rebaño completo o granja debe basarse en la biología, ecología y epidemiología del parásito(s), con especial atención a las condiciones climáticas. Existe una tendencia entre los parasitólogos a recomendar reemplazar la práctica actual para el control de los parásitos que implica la dosificación repetida de grupos enteros de animales con “tratamientos selectivos dirigidos” en los que solo se administran medicamentos a animales individuales que muestran signos clínicos o productividad reducida.