Tanto en los sistemas extensivos como en los intensivos, se debe proporcionar a las ovejas un refugio limpio y sin hacinamiento que las proteja de las condiciones climáticas extremas. Debe existir una ventilación adecuada para evitar el sobrecalentamiento en climas cálidos y la acumulación de amoníaco en estructuras herméticamente selladas contra el frío. La cama ha de estar limpia y seca y reemplazarse cuando esté sucia. Los sustratos del refugio y del prado deben mantenerse lo más secos posible para minimizar el riesgo de enfermedades de las pezuñas.
Si es posible, se deben establecer zonas separadas del refugio primario del rebaño para los animales enfermos o en cuarentena. Asimismo, ha de habilitarse una zona que garantice un contacto mínimo con otras ovejas y que pueda limpiarse fácil y frecuentemente para los partos y el pastoreo (trasladar a los animales a pequeños corrales individuales cuando sea necesario). Los sistemas de manejo del confinamiento también deben permitir un espacio adecuado para el movimiento y el descanso. Los sistemas de manejo del pastoreo han de mantener la densidad de población por debajo de la capacidad de carga de la tierra para evitar el sobrepastoreo y la degradación ambiental.
Las cercas, cuando se usan, deben mantenerse en buenas condiciones para minimizar la pérdida de animales y el posible atrapamiento. Se deben tomar medidas para protegerse de los depredadores, especialmente durante la época de partos y en grandes rebaños de pastoreo. En zonas urbanas y semiurbanas, el mayor riesgo de depredadores a menudo proviene de los perros del vecindario.
En los sistemas de confinamiento, los comederos diseñados para adaptarse al comportamiento natural de pastoreo de las ovejas con la cabeza hacia abajo fomentan un mejor consumo de alimento. A las ovejas les gusta rebañar y, naturalmente, se amontonan en los comederos. Sin embargo, debe haber suficiente espacio en los comederos (20-50 cm/cabeza) para permitir un fácil acceso a todas las ovejas que se alimentan. La alimentación directamente desde el suelo en los sistemas de confinamiento aumenta el riesgo de enfermedad y debe evitarse.
Se debe inspeccionar a los animales con frecuencia para controlar los signos clínicos obvios de enfermedad o lesión y para evaluar la condición corporal y la salud de las pezuñas. Cualquier oveja que se aísle o muestre signos clínicos de pérdida de peso, cojera, lesión o comportamiento atípico debe ser retirada del rebaño para su posterior evaluación y tratamiento.
La prevención de la enfermedad es mucho menos costosa que la curación, por lo que las medidas preventivas de salud, como la vacunación y el recorte de las pezuñas, se deben fomentar y practicar de forma rutinaria. Los productores han de desarrollar un plan sanitario de la explotación que aborde la nutrición, el control de los parásitos, los criterios de selección, la prevención de enfermedades, el diagnóstico y el tratamiento. Las prácticas de manejo como la realización de exploraciones físicas y la cuarentena de los animales enfermos para minimizar la introducción de enfermedades infecciosas, deben seguirse tanto en los sistemas extensivos como en los intensivos.
Aunque la prevención de la enfermedad ha de ser el objetivo de cualquier productor, también debe fomentarse el diagnóstico de la enfermedad. Cuando sea posible, se ha de investigar la muerte de cualquier oveja en una explotación, incluso mediante técnicas tan simples como la necropsia macroscópica de campo. Además del diagnóstico de la enfermedad, las muestras de tejido recogidas post mortem pueden proporcionar información adicional sobre la salud del rebaño, como el análisis mineral in vivo.
Las grandes explotaciones y los productores en países ricos en recursos a menudo tienen acceso a programas de manejo expansivos impulsados por la tecnología y a una extensa atención veterinaria privada. Sin embargo, con diligencia, el manejo de la explotación se puede lograr con herramientas tan simples como lápiz y papel. En explotaciones más pequeñas o explotaciones en comunidades socioeconómicas con menos recursos, el valor de un animal individual puede ser mucho mayor para un productor que el que tendría un solo animal en una explotación de miles. Los productores pueden trabajar con agencias locales o nacionales para obtener información sobre la salud y el manejo de la explotación, especialmente si la atención veterinaria privada no es factible. La mejora del lote, especialmente en las economías más pobres, puede ser limitada; sin embargo, algunos pequeños cambios de manejo basados en principios sólidos pueden mejorar la salud del lote en cualquier situación.