El mayor riesgo de la introducción inicial de muchas enfermedades infecciosas en un rebaño es la incorporación de animales con infección subclínica, aunque algo del riesgo se puede atribuir a portadores silvestres. Las incorporaciones al rebaño o los movimientos y contactos intencionados o inadvertidos pueden verse como fuentes potenciales de infección. Los rebaños pueden clasificarse como "cerrados" o "abiertos" según cual sea su exposición a los agentes patógenos. (También ver Bioseguridad.) Los rebaños cerrados restringen la introducción de animales y vehículos de origen ganadero, así como el contacto con otros rebaños y animales. Los rebaños abiertos tienen un alto riesgo de introducir patógenos a través de prácticas como la introducción de reposición comprada (especialmente si proceden de grupos mezclados para la venta), la compra de toros, la introducción directa de terneros de cebo de alto riesgo (especialmente en altas densidades de población) y la mezcla de animales de diferentes procedencias, mediante programas de cubriciones cooperativas o por bioseguridad deficiente del rebaño.
Por lo general, todos los animales adquiridos o introducidos deberían separarse del rebaño durante un periodo de observación razonable (p. ej., 4 semanas); estos animales deben someterse a los mismos procedimientos sanitarios que el rebaño de destino. Es prudente adquirir animales de rebaños con historial sanitario conocido y que tienen registros de vacunaciones y tratamientos. Antes de comprar animales, los compradores deben asegurarse de que los rebaños hayan dado negativo en la prueba de paratuberculosis y estén libres de animales persistentemente infectados de DVB, tuberculosis y brucelosis. Si el rebaño está libre de enfermedades como la leucosis bovina y la anaplasmosis, es de vital importancia adquirir únicamente animales de otros rebaños negativos para estas enfermedades. Los toros púberes deberían someterse a pruebas de tricomoniasis y vibriosis cuando esté indicado. Para los programas de inseminación artificial (IA), se debería emplear el semen si se ha procesado previamente en un centro de IA aprobado con un programa sanitario razonable para reducir el riesgo de enfermedades venéreas (y otras) a través del semen congelado.