Los inspectores realizan procedimientos ante mortem en el matadero el día del sacrificio para identificar y rechazar a los animales que no son aptos para el sacrificio y para observar signos clínicos o lesiones de enfermedad que pueden no ser evidentes después del sacrificio (p. ej., signos neurológicos, dificultad respiratoria, cojera o fiebre). El inspector observa a los animales tanto en reposo como en movimiento. Los animales no pueden entrar en ninguna zona de la instalación donde se sacrifiquen animales, se faenen las canales o se manipulen productos comestibles hasta que hayan sido inspeccionados y se haya determinado que son candidatos aceptables para el consumo humano. La instalación para la inspección ante mortem debe tener buena iluminación, así como puertas, mangas y equipos suficientes para separar a los animales anormales para un examen más detallado y una inspección adecuada.
La inspección ante mortem da lugar a uno de tres resultados: aprobado para sacrificio normal, aprobado como sospechoso o decomisado. Los animales que parecen sanos se pasan al matadero normal. Los animales que muestran signos clínicos de enfermedades graves que los hacen inadecuados para la alimentación son rechazados. Se incluyen en la categoría de animales rechazados todos los animales que están muertos o moribundos, o que muestran claramente signos clínicos de cualquier enfermedad o afección que requiera el decomiso de la canal en la inspección post mortem. También se decomisan los animales que muestran signos clínicos de enfermedad del SNC o fiebre grave (temperatura corporal de 41 °C o superior en los cerdos, o de 40,5 °C o superior en el ganado vacuno, ovino y caprino). En EE. UU., todo el ganado vacuno incapacitado que no deambula (incapaz de levantarse y caminar) también se decomisa automáticamente.
Los animales que muestren signos o lesiones clínicas que no obliguen a su decomiso inmediato se pueden identificar como "sospechosos", de modo que las canales y vísceras se puedan examinar por separado. Los animales que han reaccionado a una prueba de anaplasmosis, leptospirosis o tuberculosis, pero que no muestran signos clínicos, también pueden ser marcados como sospechosos. En algunos casos se puede separar y retener a los animales para permitir su recuperación de enfermedades menores o para posibilitar la eliminación de los residuos de sustancias biológicas y productos químicos. Aquellos animales a los que se les pueda haber tratado o expuesto a sustancias que puedan hacer que sus tejidos no sean aptos para el consumo, no se les debe sacrificar.
A los animales en los que se sospechen enfermedades o parásitos importados se les debe retener y se ha de informar inmediatamente al funcionario de salud federal o estatal más cercano.
