Se ha reconocido una población bacteriana residente masiva, la microbiota intestinal, dentro del tracto GI de los animales desde los albores de la microbiología. Los avances en microbiología y genética microbiológica han proporcionado una mayor comprensión de su importancia.
Las señales de la microbiota intestinal regulan diversas funciones orgánicas. De forma muy notable, la microbiota aumenta la producción de energía de los alimentos y proporciona a los animales micronutrientes esenciales y señales que optimizan la función inmunitaria.
Los veterinarios son conscientes desde hace mucho tiempo de la importancia de la microbiota gracias a su trabajo con rumiantes, mamíferos que aprovechan la digestión microbiana como una forma de obtener energía adicional a partir de materia vegetal que de otro modo no sería digerible.
La microbiota también protege frente a la colonización por patógenos y el sobrecrecimiento de patógenos endógenos. Además, influyen en el desarrollo de la obesidad, enfermedades alérgicas, enfermedades inflamatorias y algunos tipos de enfermedades autoinmunitarias. La microbiota influye directamente en la tendencia del animal a desarrollar reacciones inmunitarias mediadas por IgE y, de esta forma, alergias.
En los animales sanos, las Proteobacterias y los Bacteroidetes gramnegativos, y los Firmicutes grampositivos, son los principales filos que habitan en el intestino delgado y grueso. Los Firmicutes incluyen Clostridios y Lactobacilos. Todos estos organismos se encuentran bien adaptados al ambiente intestinal y suelen formar poblaciones estables y complejas.
La composición de la microbiota difiere entre individuos, entre familias y, más notablemente, entre carnívoros, omnívoros y herbívoros. Debido a sus interacciones complejas y a su estabilidad, puede ser difícil inducir cambios a largo plazo en la composición de la microbiota.
La microbiota controla los patógenos mediante interacciones directas. Liberan bacteriocinas que eliminan a los competidores, compiten por los nutrientes esenciales y alteran las condiciones necesarias para el crecimiento bacteriano. También controlan los patógenos estimulando la inmunidad del hospedador y la función de barrera de la mucosa.
