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Si se identifica una causa conocida de la enfermedad gastrointestinal, se debe realizar un tratamiento específico, si está disponible, para tratar el proceso patológico subyacente. La terapia específica puede incluir:
antimicrobianos
antihelmínticos
antifúngicos
antídotos de toxinas
fármacos inmunosupresores o antiinflamatorios
terapia dietética
corrección quirúrgica.
En los casos en los que no se identifica una causa subyacente o no se dispone de un tratamiento específico, el tratamiento se centra en los cuidados de apoyo. Este es el caso más frecuente en las enfermedades gastrointestinales agudas que pueden ser autolimitantes. El tratamiento de apoyo puede incluir:
terapia de reemplazo de líquidos y electrolitos
Antieméticos.
procinéticos
descompresión gástrica por intubación orogástrica o nasogástrica
analgésicos
antimicrobianos para la translocación bacteriana secundaria
Las anomalías del microbioma gastrointestinal pueden ser la causa principal de una enfermedad gastrointestinal o ser secundarias a otro proceso patológico. El restablecimiento de un microbioma normal puede ayudar a resolver la enfermedad gastrointestinal. La reconstitución del microbioma ruminal se debe hacer en situaciones en las que pueda estar seriamente reducido (p. ej., en la anorexia prolongada o en la indigestión aguda). El trasplante de microbiota se lleva a cabo mediante la administración oral de contenido ruminal proveniente de un animal sano, que contenga microbiota normal y ácidos grasos volátiles. En los gatos y en los perros, la manipulación del microbioma usando prebióticos, probióticos o simbióticos puede ser beneficiosa en enfermedades agudas y crónicas. El trasplante de microbioma fecal de un donante sano por vía oral o transrectal puede ser beneficioso en algunas enfermedades agudas y crónicas en gatos y perros, incluidas las infecciones por parvovirus, que no responden a antibióticos, las infecciones por Clostridium perfringens y las enteropatías crónicas.