Las enfermedades respiratorias de los cerdos se pueden clasificar en dos amplias categorías en función del alcance y la duración de la enfermedad manifiesta: por un lado, están aquellas que afectan a un gran número de cerdos y pueden llegar a ser graves pero de duración limitada, y por otro están las que persisten en un gran número de cerdos durante un tiempo indefinido. Las enfermedades incluidas en la primera categoría pueden ser costosas, pero estas pérdidas son limitadas en lugar de mantenerse en el tiempo. En esta categoría se incluyen la influenza porcina, la peste porcina clásica, las formas neumónicas de pseudorrabia, la enfermedad asociada al circovirus porcino y el síndrome porcino reproductor y respiratorio. Los virus responsables de estas enfermedades pueden persistir en una explotación, pero los brotes de la enfermedad manifiesta tienden a ser autolimitantes.
Los síndromes más importantes incluidos en la segunda categoría son la neumonía por micoplasma y la pleuroneumonía. La rinitis atrófica, que se ha considerado como una causa importante de enfermedad respiratoria en los cerdos, ha disminuido sustancialmente como resultado de los programas de erradicación. Las infecciones por Haemophilus parasuis pueden ser un problema en algunas explotaciones, especialmente en las infectadas por el virus del PRRS. Los grados moderados de rinitis atrófica causados únicamente por Bordetella bronchiseptica pueden no tener demasiadas consecuencias, pero cuando se unen a la infección por cepas toxigénicas de Pasteurella spp son una causa importante de pérdidas económicas debido a un descenso en el ritmo de crecimiento y una reducción en la conversión de alimento en los cerdos jóvenes. La neumonía enzoótica no presenta grandes consecuencias cuando está causada solo por micoplasma; sin embargo, cuando se combina con infecciones secundarias, como con Pasteurella multocida, puede dar lugar a una enfermedad grave. Actinobacillus pleuropneumoniae puede estar asociado con pérdidas considerables en algunas explotaciones.
La gravedad e importancia económica de las enfermedades de la segunda categoría también están relacionadas con la densidad de población y con el tipo y tamaño de la explotación. Aunque la mortalidad suele ser reducida, da lugar a un impacto económico debido a un efecto adverso y dispar sobre la tasa de crecimiento, un descenso en la eficiencia alimentaria y el coste adicional de fármacos. Las coinfecciones víricas, como las cepas muy virulentas de PRRS, pueden aumentar considerablemente las muertes y los costes. Finalmente, hay que destacar que los problemas de enfermedades respiratorias en los cerdos suelen ser el resultado de múltiples agentes (coinfección) frente a un solo patógeno.
Es posible establecer lotes libres de las enfermedades de la segunda categoría mediante técnicas como la repoblación con animales libres de patógenos específicos, el destete precoz segregado o la adquisición de cerdos de una explotación libre de neumonía. El último método es el más barato, pero como la etiología de las enfermedades en la segunda categoría es compleja, se recomienda que todos los cerdos se adquieran de una misma fuente.
Si no hay filtración de aire, es difícil mantener las explotaciones libres de enfermedades respiratorias. Se ha sospechado que los aerosoles son la fuente de entrada de patógenos en granjas sin infecciones previas. Se ha demostrado que los microorganismos como Mycoplasma hyopneumoniae se transportan hasta 9,2 km a través de aerosoles, según el clima, el terreno y la densidad de cerdos en la localidad.
Una política de "unidad múltiple de producción" o de "todo dentro/todo fuera", en que el establo o espacio de aire se vacía antes de volverse a llenar, puede reducir eficazmente al mínimo los efectos potenciales de la neumonía crónica.