Los animales se encuentran bajo una constante amenaza de invasión microbiana. Estos invasores potenciales suelen penetrar en el organismo a través del intestino, las vías respiratorias y la piel.
La amplia y diversa microbiota del intestino sirve para protegerlo de los invasores infecciosos al ocupar un nicho que impide que otros organismos se establezcan allí. Otros potenciales invasores incluyen los agentes infecciosos transmitidos por otros animales.
Para prevenir esta invasión microbiana, el organismo utiliza múltiples estrategias que colectivamente constituyen una defensa muy efectiva.
La primera línea de defensa incluye barreras físicas como la piel, la cual tiene su propia microbiota y usa mecanismos como la desecación, que dificulta la colonización con otros organismos. Los microorganismos y otras partículas inhaladas se eliminan rápidamente por las células epiteliales ciliadas y las células secretoras de moco que transportan el material inhalado desde el tracto respiratorio inferior al superior, desde donde son expulsados por el reflejo de la tos o la deglución.
La segunda línea de defensa es un sistema "cableado" de inmunidad innata que depende de una rápida respuesta estereotipada que bloquea y mata tanto a bacterias como a virus. Esta está tipificada por el proceso de inflamación aguda y por las respuestas clásicas de enfermedad, como la fiebre.
La tercera línea de defensa es el altamente complejo, específico y duradero sistema inmunitario adaptativo. Debido a que el animal acumula células de memoria después de la exposición a los patógenos, la inmunidad adaptativa proporciona al hospedador la oportunidad de responder a la exposición mediante una respuesta altamente específica y efectiva para cada agente infeccioso individual. En ausencia de un sistema inmunitario adaptativo funcional, la supervivencia es improbable
