Los animales se encuentran bajo una constante amenaza de invasión microbiana. Estos invasores potenciales entran en el cuerpo a través del intestino, las vías respiratorias y la piel. La amplia y diversa microbiota del intestino sirve para proteger a este órgano de los invasores infecciosos al ocupar un nicho que impide que otros organismos se establezcan allí. Otros potenciales invasores son agentes infecciosos que se propagan desde otros individuos.
Para prevenir la invasión microbiana, el organismo cuenta, como parte de su sistema inmunitario innato, con una serie de defensas que colectivamente constituyen una muy efectiva defensa contra la invasión. Estos mecanismos incluyen barreras físicas como la piel, la cual tiene su propia microbiota y usa mecanismos como la desecación, que dificulta la colonización con otros organismos. Los microorganismos y otras partículas inhaladas se eliminan rápidamente por el aparato mucociliar, que se está constituido por células epiteliales ciliadas y células secretoras de moco que transportan el material inhalado desde el tracto respiratorio inferior al superior, desde donde son expulsados por el reflejo de la tos.
La segunda línea de defensa es un sistema "cableado" de inmunidad innata que depende de una rápida respuesta estereotipada que bloquea y mata tanto a bacterias como a virus. Esta está tipificada por el proceso de inflamación aguda y por las respuestas clásicas de enfermedad como la fiebre.
La tercera línea de defensa es la altamente compleja, específica y duradera inmunidad adaptativa. Debido a que el animal acumula células de memoria después de la exposición a los patógenos, la inmunidad adaptativa proporciona al hospedador la oportunidad de responder a la exposición creando una respuesta altamente específica y efectiva para cada agente infeccioso individual. En ausencia de un sistema inmunitario adaptativo funcional, la supervivencia es improbable
