Las barreras físicas de la superficie corporal desempeñan un papel crucial en la prevención o el bloqueo de la invasión microbiana. Muy pocos microorganismos pueden penetrar la piel intacta; en lugar de esto, los invasores suelen entrar a través de heridas o mediante inoculaciones, como las picaduras de mosquitos. Las heridas cutáneas cicatrizan rápidamente para restablecer la barrera protectora. Una compleja microbiota cutánea tiende a excluir a los nuevos microorganismos invasores, mientras que las moléculas antimicrobianas del sudor matan y eliminan a muchos de estos.
En las vías respiratorias, la estructura del tracto respiratorio superior sirve como un filtro eficaz de partículas pequeñas. Las propias vías respiratorias están revestidas por una capa de moco adhesiva que puede atrapar partículas. El moco también contiene proteínas antimicrobianas como defensinas, lisozima y surfactantes. El moco "sucio" se sustituye constantemente por material limpio, ya que la acción ciliar lo transporta a la faringe, donde se traga. La tos y los estornudos eliminan grandes irritantes de las vías respiratorias y los conductos nasales, y son reacciones defensivas esenciales.
La defensa del intestino se centra en la presencia de una enorme y compleja microbiota comensal. Si todo esto falla, los invasores pueden eliminarse rápidamente del tracto GI mediante vómitos y diarrea.
La microbiota intestinal desempeña un papel clave en el mantenimiento de la salud animal. Primero, es una fuente de nutrientes, especialmente en los herbívoros, donde proporciona un medio que permite llevar una dieta rica en celulosa y una fuente de vitaminas esenciales. Esta microbiota también desempeña un papel crucial en la defensa del cuerpo. La grande y bien adaptada población microbiana excluye muchos patógenos potenciales a través de la competencia. Y lo que es más importante, el estímulo constante que proporciona la presencia de estos organismos estimula el desarrollo del sistema inmunitario adaptativo y regula la intensidad de la inflamación mediada por el sistema inmunitario innato.
