En todos los casos de dolor musculoesquelético y cojera se deben realizar procedimientos diagnósticos para determinar la naturaleza, extensión y localización exacta de la lesión. La evaluación de la fuente del dolor y la cojera siempre comienza con una anamnesis completa, una inspección y una exploración física para buscar fuentes de calor, tumefacción y dolor en la palpación manual. En los caballos se deben aplicar pinzas de casco para determinar si el dolor puede estar provocado por las estructuras del interior de la cápsula del casco. A continuación, se evalúan la marcha y la locomoción del animal. En una cojera por soporte de peso, la pata coja siempre soporta menos peso y a menudo tiene una duración más corta de carga. En la cojera de elevación, la pata coja se abduce o aduce para evitar la flexión de una articulación dolorosa. Estos hallazgos pueden medirse objetivamente usando una placa de fuerza o un sistema de análisis de la marcha por ordenador. En los caballos, las pruebas de flexión de las articulaciones seguidas inmediatamente de la evaluación de la marcha al trote pueden ayudar a localizar el dolor.
Después de determinar qué extremidad está coja, se puede utilizar analgesia diagnóstica (intraarticular o perineural) para localizar la marcha dolorosa en una estructura anatómica específica o en una región de la extremidad afectada. Después de la localización se pueden realizar técnicas de diagnóstico por imagen para evaluar las estructuras de los tejidos blandos y los huesos. Estos procedimientos de diagnóstico por imagen incluyen radiografía, ecografía, RM, TC, imágenes nucleares y termografía. Cuando se sospecha una sepsis articular es necesario realizar un análisis del líquido sinovial de las articulaciones afectadas para el diagnóstico. Después de estos procedimientos, se puede establecer un diagnóstico, instaurar un tratamiento y emitir un pronóstico basado en el diagnóstico, la extensión de la enfermedad y la respuesta esperada al tratamiento.
Las opciones terapéuticas para enfermedades del sistema musculoesquelético incluyen reposo, actividad restringida o modificada, inmovilización de estructuras enfermas o lesionadas con férulas y escayolas, AINE, administración de corticoesteroides, fisioterapia, acupuntura, terapia de ondas de choque extracorpóreas y reparación quirúrgica. Las opciones terapéuticas para el tratamiento de los trastornos musculoesqueléticos se han desarrollado mucho recientemente con el uso de terapias de medicina regenerativa, en las que se utilizan terapias con factores de crecimiento y células mesenquimales para incrementar la curación. Cuando el diagnóstico y el tratamiento posterior se realizan al principio del proceso patológico, es posible la vuelta a una vida útil para muchos animales.